Flagellen (lateinisch flagellum) oder Geißeln sind fadenförmige Gebilde auf der Oberfläche einzelner Zellen, die der Fortbewegung dienen. Sie sind bei Prokaryoten (Lebewesen ohne Zellkern) und bei Eukaryoten (Lebewesen mit Zellkern) hinsichtlich
Struktur und Funktionsweise grundsätzlich verschieden:
Prokaryoten besitzen gewendelte Proteinfäden außerhalb der Zellmembran, die sich nicht aktiv verformen, sondern an ihrem in der Zelle verankerten Ende durch einen Motor in Drehung versetzt werden und auf diese Weise – ähnlich wie ein Propeller – einen Schub oder Zug ausüben.
Eukaryoten dagegen besitzen fädige, von der Zellmembran umschlossene Ausstülpungen der Zelle, in deren Inneren sich ein Bündel von Mikrotubuli befindet, und die durch aktive Formveränderung eine Bewegung bewirken.Diese beiden völlig unterschiedlichen Organelltypen werden jeweils sowohl als Flagellen als auch als Geißeln bezeichnet, diese beiden Bezeichnungen werden also als
Synonyme verwendet. Um jedoch dem unterschiedlichen Aufbau und der verschiedenen Funktion von Pro- und Eukaryotengeißeln nomenklatorisch Rechnung zu tragen, ist von deutschsprachigen Autoren folgende Sprachregelung vorgeschlagen worden:
„Die Geißeln der eukaryotischen Zellen haben einen sehr einheitlichen Aufbau. […] Der Begriff 'Flagelle' bleibt den ganz anders organisierten Fortbewegungsorganellen der Prokaryoten vorbehalten.“Im vorliegenden Artikel wird diese eindeutige Zuordnung der Bezeichnungen „Flagellum“ für Prokaryoten und „Geißel“ für Eukaryoten weitgehend berücksichtigt (Schwierigkeiten ergeben sich z. B. bei „Begeißelung“, vgl. unten). Zu bemerken ist aber, dass in anderen aktuellen Lehrbüchern diese Unterscheidung nicht gemacht wird.