Unter einer Protozoeninfektion, auch Protozoonose oder Protozoenkrankheit genannt, versteht man das aktive oder passive Eindringen von Protozoen (tierischen Einzellern) in einen Organismus, deren dortige Vermehrung und die darauf folgende Reaktion des Organismus in Form einer Erkrankung. Wenn mindestens eines der drei Merkmale fehlt, spricht man von einer Infestation. Zu den bekanntesten Protozoenkrankheiten gehören Malaria, Toxoplasmose, Schlafkrankheit, Kala-Azar und Chagas-Krankheit. Zu den Darmparasiten zählen etwa die Protozoen Balantidium coli (Verursacher der Balantidiass), Giardia intestinalis und Trichomonas intestinalis.