Der Begriff primäre Krankheit oder auch primäre Erkrankung beschreibt in der Medizin im Sinne der formalen Pathogenese attributiv das Entstehen und die Entwicklung einer Krankheit mit allen daran beteiligten Faktoren, ursächlich aus dem betroffenen Organ, Gewebe. Somit ist eine primäre Krankheit eine solche, die unmittelbar aus der krank machenden Ursache entsteht und nicht erst Folge einer anderen Noxe (sekundär, tertiär) ist. Im Gegensatz hierzu steht die sekundäre Krankheit.Das Attribut „primär“ (Bedeutungen: erst, vorrangig, zuerst vorhanden, anfänglich, ursprünglich) wird im allgemeinen medizinischen Sprachgebrauch vor die eigentlichen Benennung der Erkrankung gesetzt.
Häufig wird mit primärer Krankheit der Begriff der Idiopathie in Verbindung gebracht. Die „primäre Erkrankung“ ist vom Begriff der Grundkrankheit abzugrenzen.