Als Centromer oder Zentromer (von altgriechisch κέντρον kéntron ‚Mittelpunkt‘ und μέρος méros ‚Teil‘) bezeichnet man den Bereich der primären Konstriktion (Einschnürungsstelle) eines Metaphase-Chromosoms.
Hier hängen die beiden Chromatiden zusammen, bis sie während der Kernteilung (Mitose oder zweite meiotische Teilung) am Beginn der Anaphase getrennt werden: An den sich am Centromer ausbildenden Proteinkomplexen, den Kinetochoren, setzen die Fasern des Spindelapparates an, die die Schwesterchromatiden zu den entgegengesetzten Zellpolen ziehen.
Das Centromer teilt jedes Chromatid in zwei Arme, deren Längen sich oft deutlich unterscheiden.
Ebenso wird im centromeren Bereich der Chromatiden-Chromosomen das Cohesin (das Protein, welches das Chromosom zusammenhält) bis zur Prophase der Mitose nie entfernt.